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微衛(wèi)星標(biāo)記STR/SSR
來源：萬物生物 發(fā)布時間：2021-11-02
微衛(wèi)星標(biāo)記STR/SSR
背景介紹
微衛(wèi)星標(biāo)記（Microsatellite）也稱為短串聯(lián)重復(fù)序列（STR）或簡單重復(fù)序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復(fù)序列。微衛(wèi)星位點通常通過PCR擴(kuò)增和電泳檢測，并根據(jù)片段大小分離等位基因進(jìn)行分析；擴(kuò)增后的等位微衛(wèi)星可以用多種方法檢測，傳統(tǒng)方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法，費時費力效率低。閱微基因基于5年的經(jīng)驗，利用ABI遺傳分析儀對熒光標(biāo)記的DNA片段進(jìn)行檢測，結(jié)合分子量內(nèi)標(biāo)進(jìn)行DNA片段長度計算，使STR分型變得高效快捷，結(jié)果也更加精確。
服務(wù)項目
１．SSR引物開發(fā)
通過富集微衛(wèi)星序列，開發(fā)出20-30條具有一定重復(fù)特征的微衛(wèi)星序列，并且對序列進(jìn)行多態(tài)性和特異性驗證。
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服務(wù)編號 |
方法 |
內(nèi)容說明 |
價格 |
周期 |
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STR01 |
SSR引物開發(fā) |
開發(fā)未知基因組序列物種的引物 |
詢價 |
2-4周 |
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STR02 |
SSR引物篩選 |
篩選適合熒光檢測的引物 |
詢價 |
2-4周 |
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STR03 |
引物設(shè)計與合成 |
熒光標(biāo)記引物 |
詢價 |
1周 |
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STR04 |
PCR條件優(yōu)化 |
單重和多重PCR |
詢價 |
1-2周 |
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STR05 |
PCR擴(kuò)增 |
熒光或非熒光 |
詢價 |
1-4周 |
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STR06 |
測序儀檢測 |
用測序儀對單色或多色熒光標(biāo)記DNA 片段進(jìn)行分離和檢測 |
詢價 |
2-7工作日 |
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STR07 |
原始數(shù)據(jù)分析 |
將原始數(shù)據(jù)分析為基因型 |
詢價 |
1工作日-2周 |
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STR08 |
群體遺傳學(xué)分析 |
關(guān)聯(lián)分析、連鎖圖構(gòu)建等 |
詢價 |
1-2周 |
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STR09 |
AFLP檢測 |
檢測和數(shù)據(jù)分析 |
詢價 |
2-5工作日 |
２. 引物篩選
選取部分代表性樣本，利用普通引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，然后利用高分辨率芯片電泳或PAGE驗證引物的特異性、擴(kuò)增效率和基因座多態(tài)性等信息（圖1）。
圖1. 用島津MultiNA芯片電泳儀進(jìn)行引物篩選的結(jié)果
３．樣本批量擴(kuò)增
用帶有熒光標(biāo)記（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，對批量樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增。我公司擁有高通量PCR儀平臺，可以滿足大量樣本擴(kuò)增需求。
４．測序儀檢測
帶有熒光標(biāo)記的PCR產(chǎn)物進(jìn)行稀釋后與分子量內(nèi)標(biāo)混合，用3730xl等測序儀進(jìn)行毛細(xì)管電泳，并得到原始數(shù)據(jù)（fsa文件，見圖2）。
圖2. 應(yīng)用3730xl測序儀檢測得到的原始圖譜
５．原始數(shù)據(jù)分析
編制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0軟件分析測序儀得到的fsa文件，并生成PDF圖譜和Excel文檔（包括size、基因分型等信息），分析后的電泳圖譜見圖3。
圖3. GeneMapper軟件分析后的電泳圖譜
６．群體遺傳學(xué)分析
利用生物信息學(xué)軟件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）對上述數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步分析，繪制遺傳連鎖圖譜、分析連鎖不平衡和分析多態(tài)性等。
送樣要求
細(xì)胞（≥106）、組織（≥300mg）、血液（≥1mL）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥50ng/μl）；引物信息、片段長度范圍、瓊脂糖電泳圖等。
提供結(jié)果
引物、微衛(wèi)星分析的原始數(shù)據(jù)以及GeneMapper生成的PDF圖譜、包含片段長度等信息的Excel文檔和進(jìn)一步的分析結(jié)果等。
成功案例
到目前為止，我公司與上百家科研機構(gòu)建立合作，進(jìn)行過多個物種的引物開發(fā)、多態(tài)性分析、種系鑒定和連鎖圖譜構(gòu)建等工作，包括人、小鼠、大鼠、兔、馬、犬、牛、大熊貓、魚、蝦、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜蟲、瓢蟲、小麥、玉米、大豆、棉花、楊樹、蘋果、葡萄和真菌等。
【一站式整體科研服務(wù)，成就更高水平的科研成果】
標(biāo)書基金實驗咨詢 表觀遺傳組學(xué)分析
課題實驗結(jié)題指導(dǎo) 細(xì)胞分子功能驗證
實驗培訓(xùn)文章潤色 動物模型裸鼠成瘤
臨床檢測科研轉(zhuǎn)化 病理染色分子互作